Cały teren gminy jest w zasięgu Tyśmienicy, która otacza jej obszar od wschodu i zachodu. Rzeka jest jednocześnie odbiornikiem wody z licznych urządzeń melioracyjnych rozsianych po terenie gminy. Jej dopływami są: Piwonia i Bystrzyca Północna, które tylko fragmentami dotykają obszaru gminy.

Istotnym uzupełnieniem wód powierzchniowych są również sztuczne zbiorniki chodowlane oraz liczne torfianki zajmujące powierzchnie ok. 135ha. Atrakcją gminy są bowiem liczne stawy hodowlane o różnej powierzchni i konfiguracji. Największe z nich to Stawy Skruda o powierzchni ok. 20 ha zlokalizowane w sąsiedztwie Tyśmienicy.

W rozproszonych licznych na terenie gminy dołach potorfowych zwanych potocznie torfiankami o urokliwych nazwach jak: Zadębowiec, Omiedzek, Przypust, Podgaje do niedawna występował bardzo licznie gatunek Z Polskiej Czerwonej Księgi Zwierząt – strzebla błotna miniaturowej wielkości gatunek ryby. Niestety obecnie doszukać się można pojedynczych egzemplarzy tego chronionego gatunku, chociaż jeszcze kilka lat temu była to najliczniejsza populacja w Polsce.

W badanych torfiankach stwierdzono występowanie również innych gatunków ryb jak: karaś pospolity, karaś srebrzysty, słonecznica, lin i piskorz.

Dolina Tyśmienicy to jedna z najważniejszych ostoi ptasi w Polsce – prawdziwy raj dla ornitologów. Dzięki swym walorom ornitologicznym została zakwalifikowana do jednego z ptasich obszarów Natura 2000 o nazwie „Dolina Tyśmienicy” – kod obszaru – PLB 060004. Jest to obszar rangi europejskiej i jednocześnie ważny korytarz ekologiczny o znaczeniu ponadregionalnym. Rzeka Tyśmienica stanowi bowiem istotne połączenie między ważnym ekosystemem, jakim jest Polesie Lubelskie z pradoliną Wieprza, a jednocześnie z korytarzem ekologicznym Wisły.

Dolina Tyśmienicy to jednocześnie koncentracja ptaków wodno – błotnych jak: rybitwa białoczelna, krwawodziób, rycyk oraz sieweczki.

Rzadkim przedstawicielem z rodziny czapli jest tutaj czapla biała, często obserwowana na stawach Skruda.

Z tym środowiskiem są związane również takie gatunki jak: perkoz rdzawoszyi, rybitwa białoczelna, czernica oraz błotniak łąkowy. Z drapieżnych należy odnotować polujące tutaj często ptaki drapieżne jak: kobuz oraz dwa najważniejsze gatunki jak puchacz mający tutaj swoje stanowisko lęgowe czy zalatujący na stawy z okolic Suchowoli bielik.

Z krajobrazem doliny Tyśmienicy są związane również dwa gatunki bociana. Bocian buły związał swoje występowanie głównie z terenami zabudowanymi wsi i kolonii. Na terenie gminy jest zinwentaryzowanych 35 gniazd. Nastąpił duży wzrost w stosunku do liczenia bociana z 1995 roku. Najwięcej gniazd jest zlokalizowanych w miejscowościach: Bełcząc (9), Czemierniki (6). Bocian czarny natomiast polubił obszary leśne silnie uwilgotnione, z dala od zabudowań.

Z ciekami wodnymi związane jest występowanie bobra europejskiego. Można zauważyć liczne ślady jego żerowania w postaci ściętych drzew nad wodami w uroczysku Skruda w górę rzeki Tyśmienicy, w uroczysku Pszonka (dolny bieg Tyśmienicy).

Ze środowiskiem wodnym swoje występowanie wiąże również wydra, która zaczyna być uciążliwa dla posiadaczy niewielkich zarybionych stawików czy oczek wodnych.

Prawna ochroną w formie użytków ekologicznych w 1995 r. objęte zostały fragmenty dawnych stawów oraz dzikie zakrzaczone łąki w uroczysku Tarkawka na terenie Leśnictwa Bełcząc.

Również stare, sędziwe drzewa są niewątpliwą atrakcją przyrodniczą gminy. Aktualnie jest zarejestrowanych 6 pomników przyrody. Stanowią je: dwa okazałe dęby szypułkowe o obwodach 332 i 375 cm rosnące na obrzeżu oddz. 44 Leśnictwa Czemierniki. Przy starej Leśniczówce Ludwinów pamiętającej czasy marszałka Rydza-Śmigłego rośnie okazały dąb czerwony o obwodzie 320 cm. Przyrodę nieożywioną reprezentują dwa głazy narzutowe zlokalizowane przy gościńcu prowadzącym do gajówki Brzeziny, jeden z nich posiada ludową nazwę „Gruby Michał”.

W ostatnich latach znalezione zostały na terenie gminy kolejne stare drzewa zasługujące niewątpliwie na objęcie ich ochroną pomnikową. Wnioski w tej sprawie zostały skierowane do Rady Gminy. Dotyczy to przede wszystkim szpaleru lipowego złożonego z 81 starych lip drobnolistnych rosnących na skraju lasu państwowego przy gościńcu prowadzącym do starej leśniczówki w Bełczącu. Drzewa posiadają obwody od 145 do 550 cm. Na działce leśnej w uroczysku Motyl w pobliżu starych stawów rośnie najokazalsze drzewo na terenie gminy – sędziwy dąb szypułkowy o obwodzie 560 cm, wysokości ponad 20 m. Na uwagę zasługuje również stara lipa drobnolistna o obwodzie ponad 300 cm w pasie drogi powiatowej z Czemiernik do Suchowoli.

Z inicjatywy dyrekcji i nauczycieli SP im. T.Kościuszki w Czemiernikach powstała leśna ścieżka dydaktyczno – przyrodnicza na terenie Leśnictwa Bełcząc w Uroczysku Brzeziny, które należy do Nadleśnictwa Lubartów. Wędrując po tej ścieżce dydaktycznej poznajemy walory przyrodnicze czemiernickich lasów. Ciekawe przystanki edukacyjne pozwalają wędrowcom bliżej poznać osobliwości przyrodnicze w ich naturalnym środowisku.